作为传承600年“水井坊酒传统酿造技艺”的名酒品牌，水井坊在发展中不断推陈出新。据数据显示，水井坊研发投入较此前有较大增长。在科技研发环节，水井坊科技研发体系下设多个研发中心，依托国家重点文物保护单位——水井街酒坊遗址，开展白酒生产全产业链研究，与有着600多年历史的水井坊酒传统酿造技艺结合，为消费者提供值得典藏的高品质浓香白酒。同时，水井坊以消费者需求为导向，通过充分的市场调研与反馈，创新升级产品。
水井坊依靠以科研带动创新，以创新提升品质，以品质为重心升级产品的策略逻辑，在谷物酿造品质、曲药及古窖池动态发酵机理、水井坊酒风味多组学以及传统酿造微生物菌种挖掘等生产方面，大量投入研发，提出新产品研发方案，开发设计新产品酒体，确定产品配方及技术标准。
水井坊在信息化与科技水平快速发展的当代，积极优化白酒生产技艺，利用专业科研技术，进行白酒发酵技术研究，探索白酒生产工艺，持续推动白酒产业的科技化水平。在2022年水井坊的新一代井台发布会中，水井坊公布了其与中科院微生物所真菌学重点实验室白逢彦团队合作进行的“一号菌群”科研第一阶段的研究成果。
在新典藏、新井台的“工艺密码”中，水井坊古窖池“一号菌群”占据特别重要的位置。2022年4月11日，中科院微生物所真菌学重点实验室白逢彦团队发布了对水井坊一号菌群阶段性研究报告。研究成果表明，水井坊古窖池窖泥中菌群多样、生态稳定、生香微生物含量丰富、未知细菌种类繁多，并且确认了水井坊古窖池窖泥微生物的独特性。水井坊独有的工艺赋予了“一号菌群”发挥潜能的条件，造就了水井坊井台酒体优雅、细腻，绵延、净爽的特点，因此受到众多专家与消费者的欢迎。
白酒口感和风味，受到地域生态资源、原辅材料、工艺、储存等很多因素的影响，但其中最为重要的还是微生物。据中科院微生物所真菌学重点实验室白逢彦团队初步研究得出的阶段性结论，水井坊古窖池的窖泥中菌群多样、生态稳定、生香微生物含量丰富、未知细菌种类繁多。第一阶段研究确认了水井坊古窖池窖泥中，存在近20个尚未报道的新的菌种，其中独有菌类群有16个，独有的古菌类群有2个。其微生物的独特性，赋予了‘一号菌群’独特的酿造工艺。
水井坊依靠“一号菌群”的良好基础，在未来也将逐级扩大培养窖泥，利用其独特性更好的为水井坊产品升级服务。在研究成果的运用中，“一号菌群”对水井坊酒的高质量发展有非常大的作用，通过接种较年轻、较新的窖池，让其拥有和老窖池一样出品高品质、高等级、风味卓越的酒体的能力。
水井坊依靠水井坊古窖独有的“一号菌群”，创新升级了水井坊井台产品，平衡令人愉悦的醇甜和经过双重蒸馏择优提香的醇厚，酿造出了“一独双香”的高品质井台，奠定了井台的经典品质。并且水井坊通过对一号菌群的研究，也充分了解到古窖的习性特点，结合相应的技艺、原料、储存等工艺调整，让一号菌群在发酵、生香过程中的作用发挥得更大。
水井坊的产品升级创新策略，进一步强化了水井坊的品质基础。水井坊品牌高端化策略则整合不同IP资源、通过多种平台精准地向不同目标客户圈层传递品牌使命和品牌价值。水井坊与包括《国家宝藏》在内的众多著名IP的合作，建立起与高端圈层持续深度沟通的桥梁，在目标客群中取得了更强的渗透、更广的覆盖。在优质品牌IP的加持下，水井坊产品升级和品牌高端化策略有效传导到业务层面，水井坊包括典藏、井台、臻酿八号在内的一系列主要产品，都在终端价格上实现了价格提升，进一步优化了产品价值链，给予了渠道合作伙伴更高的价值空间，推动了产品良性动销。
2021年水井坊“以600年传承创新的酒中美学，弘扬中国美学文化，共创国民美好生活”作为品牌使命，围绕“体育”与“文化”两大核心理念，迅速建立起了优质的品牌IP矩阵，通过一系列整合营销项目，水井坊为开展高端圈层营销提供了强大赋能，并获得了社会各界的高度关注。此后，水井坊也将继续有效地释放产品升级，打造新的成长动力。
